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1. 과세사업자와 면세사업자란 무엇인가?

부가가치세를 공제받을 수 있는지는 우선 병의원이 어떠한 사업자에 해당하는지를 알아야 한다. 병의원의 사업자등록증을 보면 '일반과세자' 또는 '부가가치세 면세사업자'라는 것이 표시되어 있다. 일반과세자는 과세사업자로, 1)부가가치세가 과세되는 과세매출만 있거나 2)과세매출과 부가가치세가 과세되지 않는 면세매출이 모두 있는 경우를 말한다. 면세사업자는 말 그대로 부가가치세가 과세되지 않는 면세매출만 있는 사업자를 말한다. 이는 부가가치세 신고의무에도 차이가 있다.

[사업자의 구분]

2. 과세사업자가 매입 시 부담한 부가가치세는 공제받을 수 있다. (매입세액공제)

부가가치세 과세매출이 있는 병의원의 경우, 공급가액(매출액)의 10%를 별도로 환자에게 받고 해당 금액에서 물품을 매입할 때 부담한 부가가치세를 차감하여 이를 부가가치세 신고 시 납부하게 된다. 예를 들면, 부가가치세가 과세되는 진료용역을 제공하고 그에 대한 대가가 50만원인 경우, 50만원에 추가로 환자에게 5만원을 더 받게 되며, 물품 매입 시 매입액 30만원에 부가가치세 3만원을 더 지급하고 총 33만원의 세금계산서를 받았다면 해당 병의원은 부가가치세 신고 시 5만원에서 3만원을 차감한 2만원을 부가가치세로 납부하게 된다.

부가가치세를 공제받는다는 것은 이와 같이 매출 시 발생된 부가가치세에서 매입 시 발생된 부가가치세를 차감납부함에 따라 부가가치세 납부액을 줄일 수 있다는 것이며, 세법적으로 이것을 매입세액공제라고 한다.

3. 면세사업자가 매입 시 부담한 부가가치세의 처리는?

면세사업자의 경우 환자에게 진료용역을 제공 시 부가가치세를 징수할 필요가 없으나 일반과세자로부터 물품을 매입할 경우 부가가치세를 지불하고 매입해야 한다. 면세사업자는 부가가치세 신고의무가 없기에 매입 시 부담한 부가가치세를 공제받지 못하게 되나, 종합소득세 신고 시 경비처리를 할 수 있으므로 매입 시 발생된 부가가치세에 종합소득세율을 적용한 만큼 종합소득세 부담을 줄일 수 있다.

4. 과세사업자와 면세사업자의 부가가치세에 대한 자금부담 비교

예) A병의원장 : 부가가치세 과세사업자
B병의원장 : 부가가치세 면세사업자
물품 매입 시 부담한 부가가치세 : 1,000만원
A와 B병의원장의 종합소득세 세율 41.8%(지방소득세 포함)

부가가치세를 부담하고 물품을 매입하게 되는 경우, 부가가치세 과세사업자인 A병의원장은 매입한 금액에 대한 부가가치세 1,000만원을 부가가치세 신고 시 모두 매입세액공제를 받게 되어 부가가치세에 대한 자금 부담이 발생하지 않는다. 반면, 부가가치세 면세사업자인 B병의원장은 매입 시 부담한 부가가치세가 비용처리 됨에 따라 비용처리된 금액에 종합소득세 세율에 해당하는 금액(1,000만원 X 41.8% = 418만원)만큼 종합소득세가 줄어들게 되지만, 자금 지출 측면으로 봤을 때 매입 시 지출된 부가가치세에서 종합소득세 절감액을 차감한 금액(1,000만원 - 418만원 = 582만원)만큼은 본인의 자금 부담이 된다.

5. 면세사업자는 매입 시 세금계산서를 받지 않아도 되는가?

위 사례와 같이 면세사업자인 병의원장은 부가가치세를 지불하고 물품을 구입하는 경우, 매입세액공제를 받지 못하고 비용처리 됨에 따라 부가가치세를 지불하는 것을 아깝게 느낄 수 있다. 이러한 이유로 매입 거래 시 세금계산서를 발급받지 않는 조건으로 부가가치세를 제외하고 대금을 요구하는 사업자들과 거래하는 경우가 있는데 이는 병의원장 입장에서는 절대 해서는 안될 거래이다.

예를 들면 물품 금액 1,000만원에 부가가치세 100만원 하는 물품을 매입하는 경우 세금계산서를 받지 않는다면 부가가치세 100만원을 지급하지 않아도 되나, 종합소득세 신고 시 물품 금액 1,000만원에 대한 지출 증빙이 없음에 따라 비용처리를 할 수 없게 되므로 418만원(1,000만원 X 41.8%)의 종합소득세를 더 납부해야 되는 상황이 발생하여 병의원장 입장에서는 더 큰 손해가 발생하게 되므로 이러한 거래는 주의하여야 한다.