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1. 성실신고사업자에게 적용되는 세액공제

성실신고확인대상 사업자로서 성실신고확인서를 제출한 병의원이 세액공제 대상 의료비 및 교육비를 지출한 경우, 지출한 금액에 대해서 세액공제를 적용받을 수 있으며 성실신고확인비용에 대해서도 세액공제 적용이 가능하다.

(1) 의료비공제

본인 및 기본공제 대상자(나이 및 소득의 제한을 받지 않음)를 위하여 지출한 의료비에 대해서는 지출금액의 15%(난임시술비의 경우 20%) 세액공제를 적용할 수 있다. 지출 금액에 대해서는 본인, 65세 이상자, 장애인은 한도가 없고 그 외의 기본공제 대상자가 지출한 의료비에 대해서는 연 700만원을 한도로 한다. 의료비 공제는 의료비 지출 금액 전액에 대해서가 아닌, 의료비 지출 금액에서 사업소득 금액의 3%를 차감한 금액에 대해 15% 세액공제를 적용한다.

(2) 교육비공제

부모와 같은 직계존속을 제외한 배우자, 자녀 등 기본공제 대상자(나이의 제한을 받지 않음)를 위하여 지출하는 교육비에 대해서는 지출 금액의 15% 세액공제를 적용할 수 있다. 지출 금액의 한도는 대학생은 1명당 900만원, 미취학아동과 초·중·고등학생인 경우는 1명당 300만원이 한도 금액이다.

(3) 성실신고확인비용에 대한 세액공제

성실신고확인대상 사업자가 성실신고확인서를 제출하는 경우, 세무 대리인에게 지출한 성실신고확인비용의 60%에 해당하는 금액을 해당 과세 연도 종합소득세에서 공제한다. 다만 공제세액의 한도는 120만원이므로 성실신고확인비용을 300만원 지출하였더라도 300만원의 60%인 180만원을 모두 세액공제 받는 것이 아니라 120만원 까지만 세액공제 받을 수 있다. 그리고 공동사업으로 병의원을 운영하는 경우로서 해당 병의원이 성실신고확인 대상 사업자에 해당하는 경우 공동사업자 각각 120만원 한도로 성실신고확인비용에 대한 세액공제 적용을 받을 수 있다.

2. 기타 조세특례제한법상 세액공제

(1) 중소기업 투자세액공제

중소기업인 병의원이 의료기기에 투자하는 경우 투자금액의 3%를 세액공제 받을 수 있다. 다만 중고 자산 및 리스에 의한 투자의 경우는 세액공제 대상에서 제외하며 병의원 사업장이 수도권 과밀 억제 권역 안에 있는 경우 기존 의료기기를 교체하는 대체 투자는 공제가 가능하나 증설 투자에 대해서는 공제할 수 없다.

(2) 고용을 증대시킨 중소기업에 대한 세액공제

중소기업인 병의원이 해당 과세 연도의 상시근로자의 수가 직전 과세 연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우 다음의 금액을 해당 과세 연도 종합소득세에서 공제한다. 다음에서 청년이란 만 15세에서 29세 이하를 말하며 병역의무를 이행한 경우 만 35세 이하를 말한다.

① 청년 정규직 상시근로자의 증가 인원수에 1,100만원(수도권 밖의 지역에서 증가한 경우 1,200만원)을 곱한 금액
② 청년 상시근로자 외 상시근로자 증가 인원수에 700만원(수도권 밖의 지역에서 증가한 경우 770만원)을 곱한 금액

해당 금액은 고용이 감소하지 않는 경우 해당 과세기간 포함 최대 3년간 공제받을 수 있으나, 고용이 감소하는 경우 감소한 인원에 해당하는 금액에 대해서 고용이 감소한 과세 연도의 종합소득세로 납부하여야 한다. (중소기업이 아닌 경우 공제금액 및 공제기간이 달라짐)

(3) 중소기업 사회보험료 세액공제

해당 과세 연도의 상시근로자 수가 직전 과세 연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우 증가한 인원에 대한 사회보험료를 종합소득세에서 공제할 수 있으며 여기서 사회보험료란 사업주가 근로자에 대하여 부담하는 국민연금, 건강보험과 장기요양보험, 고용보험, 산재보험을 말한다. 청년 정규직을 채용하는 경우 증가한 청년 정규직에 대해 사업주인 병의원장이 부담하는 사회보험료 전액을 종합소득세에서 공제하며, 청년 외의 직원 고용 시에도 증가한 인원에 대한 사회보험료의 50%를 세액공제한다. 해당 세액공제는 상시근로자의 수가 감소하지 않는 경우 2년간 적용받을 수 있다.