2. 기타 조세특례제한법상 세액공제
(1) 중소기업 투자세액공제
중소기업인 병의원이 의료기기에 투자하는 경우 투자금액의 3%를 세액공제 받을 수 있다. 다만 중고 자산 및 리스에 의한 투자의 경우는 세액공제 대상에서 제외하며 병의원 사업장이 수도권 과밀 억제 권역 안에 있는 경우 기존 의료기기를 교체하는 대체 투자는 공제가 가능하나 증설 투자에 대해서는 공제할 수 없다.
(2) 고용을 증대시킨 중소기업에 대한 세액공제
중소기업인 병의원이 해당 과세 연도의 상시근로자의 수가 직전 과세 연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우 다음의 금액을 해당 과세 연도 종합소득세에서 공제한다. 다음에서 청년이란 만 15세에서 29세 이하를 말하며 병역의무를 이행한 경우 만 35세 이하를 말한다.
① 청년 정규직 상시근로자의 증가 인원수에 1,100만원(수도권 밖의 지역에서 증가한 경우 1,200만원)을 곱한 금액
② 청년 상시근로자 외 상시근로자 증가 인원수에 700만원(수도권 밖의 지역에서 증가한 경우 770만원)을 곱한 금액
해당 금액은 고용이 감소하지 않는 경우 해당 과세기간 포함 최대 3년간 공제받을 수 있으나, 고용이 감소하는 경우 감소한 인원에 해당하는 금액에 대해서 고용이 감소한 과세 연도의 종합소득세로 납부하여야 한다. (중소기업이 아닌 경우 공제금액 및 공제기간이 달라짐)
(3) 중소기업 사회보험료 세액공제
해당 과세 연도의 상시근로자 수가 직전 과세 연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우 증가한 인원에 대한 사회보험료를 종합소득세에서 공제할 수 있으며 여기서 사회보험료란 사업주가 근로자에 대하여 부담하는 국민연금, 건강보험과 장기요양보험, 고용보험, 산재보험을 말한다. 청년 정규직을 채용하는 경우 증가한 청년 정규직에 대해 사업주인 병의원장이 부담하는 사회보험료 전액을 종합소득세에서 공제하며, 청년 외의 직원 고용 시에도 증가한 인원에 대한 사회보험료의 50%를 세액공제한다. 해당 세액공제는 상시근로자의 수가 감소하지 않는 경우 2년간 적용받을 수 있다.