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매년 5월부터 6월은 종합소득세 신고 기간이며, 병의원의 경우 해당연도 매출이 5억원 미만이면 5월말까지, 5억원 이상이면 성실신고 대상자에 해당하여 6월말까지 종합소득세를 신고, 납부해야 하는 의무가 있다. 이번 기고문에서는 병의원을 운영하고 있는 의사분들에 대한 성실신고 확인제도와 종합소득세 신고 시 절세를 위하여 반드시 챙겨야 할 세액공제 등에 대해 정리하고자 한다.

1. 성실신고 확인제도

성실신고 확인제도란 성실한 납세를 위하여 필요하다고 인정되어 매출이 업종별로 일정 규모 이상인 사업자는 종합소득세 신고 시에 사업소득금액에 대한 적정성을 확인하고 작성한 세무사 등의 확인서를 제출하는 제도이다. 병의원은 보건업 및 사회복지 서비스업에 해당하여, 1년간의 수입금액(이른 바 매출액의 개념)이 5억원 이상일 경우 성실신고확인대상자로 본다.

성실신고확인대상자의 종합소득세 신고기한은 매년 6월 30일까지로, 과세표준 신고 시 성실신고확인서를 반드시 함께 제출하여야 한다. 성실신고확인서를 제출하지 않을 경우 산출세액의 5%를 미 제출 가산세로 납부하게 된다.

만약, 성실신고 확인대상이 아닌 자가 6월 말일까지 성실신고를 한다면, 5월31일까지 종합소득세 신고를 하지 않은 것으로 간주되어 기한 후 신고로 인한 가산세를 부담하게 될 수 있으므로 성실신고 확인대상자인지 여부를 우선적으로 판단하는 것이 종합소득세 신고 시 중요한 부분이다.

여러 사업장을 운영하거나 공동사업자의 경우 특히 주의해야 한다. 공동사업장이 성실신고 적용대상인지 판단할 때, 공동사업장의 수입금액을 손익분배비율 등으로 배분한 금액을 기준으로 판단하는 것이 아니라, 공동사업장을 1거주자로 보아 적용대상 여부를 판단해야 한다. 또한, 공동사업장은 성실신고 대상이나 단독사업장은 성실신고 대상이 아닐 경우, 어느 한 사업장만 성실신고확인 적용대상인 경우에도 신고기한은 6월 30일이다.

성실신고 확인서를 제출한 경우 성실신고 확인비용에 대한 세액공제도 성실신고에 사용한 비용의 60%를 120만원 한도에서 공제 가능하므로 잊지 말고 공제 받도록 하자.

2. 병의원 관련 세액공제

1. 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 (조특법29조의7, 조특령26조의7)

  1. 세액공제
    1. 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 증가한 경우 다음 금액의 합계 (①+②) 를 소득세에서 공제한다.
      고용 증대 기업 세액공제
    2. 고용회복에 따른 추가 세액공제 규정 신설 (2020.12.31이 속하는 과세연도 신고분부터 적용)
      1. 세액공제 적용 배제
        고용증대 세액공제를 적용 받은 거주자의 전체 상시근로자 수가 최초로 공제받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는, 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 3년까지 1)의 세액공제를 적용하지 않는다. 다만, 2020.12.31이 속하는 과세연도에 대해서는 기존 공제받은 세액에 대한 추징은 적용하지 않는다.
      2. 고용회복에 따른 추가세액공제
        위 ①의 세액공제 적용 배제에 해당하는 거주자가 2021년 이후 고용인원이 2019년 수준을 유지하는 경우에는 2021년 이후 세액공제를 계속하여 적용 받을 수 있다.
  2. 사후관리
    고용증대 기업에 대한 세액공제를 적용 받은 이후 과세연도에 상시근로자의 수가 감소한 경우 감소한 연도부터 세액공제를 적용하지 않고, 공제세액을 추징한다.
  3. 적용 유의사항
    1. 중소기업 사회보험료 세액공제, 각종 투자세액공제 등과 중복 적용이 허용된다.
    2. 창업중소기업 감면 중 고용증가에 따른 추가감면과 중복 적용이 배제되나, 다른 감면과는 중복 적용된다.
    3. 이월공제가 가능하다.

2. 중소기업 사회보험료 세액공제 (조특법 30조의4, 조특령 27조의4)

  1. 세액공제
    1. 기본 세액공제 : 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 증가한 경우 다음 금액의 합계 (①+②)를 소득세에서 공제한다.
      중소기업 사회보험료 기본 세액공제
    2. 고용유지에 따른 추가 세액공제
      위 (1)에 따라 공제받은 중소기업이 공제 받은 과세연도 종료일부터 1년 내 상시근로자의 수가 감소하지 않은 경우에는 위의 1)의 계산에 따른 금액을 그 다음 과세연도의 소득세에서 공제한다.
    3. 사회보험 신규 가입자에 대한 세액공제 ▶ (1)의 기본 세액공제와 중복적용
      ⒜ 공제 대상 사업자 : 해당 과세연도 상시근로자 수가 10명 미만이며 사업소득에 대한 소득세 과세표준이 5억원 이하인 중소기업
      ⒝ 공제 대상 근로자 : 근로기준법에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자 중 시간당 임금이 최저임금액의 100%이상 120%이하인 근로자로서 2020년 중 사회보험에 신규 가입하는 근로자
      ▶ 2020년, 2021년 공제
      ⒞ 공제 금액
      사회보험 신규 가입자에 대한 세액공제 금액
  2. 적용 유의사항
    1. 세액감면과 중복적용이 배제된다. 다만, 중소기업에 대한 특별세액감면 (조특법 7조)와 중복적용은 가능하다.
    2. 5년간 이월하여 공제된다.
    3. 고용증대 세액공제와 달리 고용감소에 대한 감면세액 추징 규정이 없다.

3. 통합 투자세액공제 (조특법 24조, 조특령 21조)

2021년 개정사항으로써 기존에 중소기업 투자세액공제, 특정 시설 투자세액공제, 의약품 품질개선시설 투자세액공제 등으로 구분되어 있던 세액공제를 하나로 통합하여 단순화하였다. 이번 종합소득세 신고부터 적용되며, 2020년과 2021년 투자분에 대해서는 통합투자세액공제와 기존 투자세액공제 중 선택하여 적용할 수 있다.

  1. 적용대상
    모든 개인사업자 및 법인이 투자한 모든 사업용 유형자산에 대하여 적용된다. 다만, 업종별로 사업에 필수적인 자산이 아닌 건물, 구축물, 차량운반구, 비품은 적용이 제외된다. 병의원의 경우 의료기기 등 매입에 대하여 통합 투자세액공제가 가능하다.
  2. 공제액 = (①+②)
    통합 투자세액공제액
  3. 적용 유의사항
    해당 세액공제 적용 시 유의할 점은, 과밀억제권역 내의 지역에 대해서는 중소기업의 교체 투자자산만 가능하다는 점이다. 과밀억제권역 외의 지역에 대해서는 신규매입자산과 교체투자자산 모두 적용이 가능하다. 병의원의 경우 의료기기 매입 금액이 상당히 큰 부분을 차지하기 때문에 투자세액공제에 대해서는 꼼꼼히 요건을 체크하여 적용 받아야 한다.
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글 - 세무법인 한미